在他分辨酶的种类的同时，海床以下的无尽黑暗之中，盘乱交错的根茎网络紧紧地抓住四周的岩石。
生长只不过是根茎的日常工作，在轴根的发源地，管状组织群的中央，这里已经膨胀成一个巨大的肉瘤，几条更加坚韧的根茎围绕着轴根生长出来，它们生长的物质来源和一般的根茎不同，是通过核心肉瘤将储存区的养分运输过来。它们被它称之为主根，是轴根的弱化版，也是轴根之后意义最重大的功能根。
主根的前端分为三个部分，最前端是挖掘端，然后是生长区，最后是成熟区，生长区的细胞成熟后在中间会形成一条通道让营养物质流入。
通道是血管的强化版，它们拥有细胞壁并且在这些细胞壁中他还掺杂了不少的各种物质进去，用来增强通道的结构强度，使它们在通道内营养物质流速过快的时候产生坍塌，这一些根茎被他称为探索根。
不过在这些探索根中就有那么几条，它们的前进方向和其它的探索根不同并且以螺旋缠绕的方式组成一条更粗的根茎，横向生长，只向着一个方向前进，目标是附近一块高于水平面的岩石造物，这曾经是一座活火山，也是他的出生点。
或者说是它再次睁开眼时，旁边就是这座在水面之上，持续不断的喷洒着黑色烟尘的巨型海底火山。
但那是曾经，现在它已经熄灭了，正是因为它已经熄灭了，他才要离开。火山熄灭了，附近水域的营养丰富度就会不足，大部分的生物都会离开，并且还会伴随大量的死亡。
像他体内的甲烷菌、硝化菌等大部分共生菌都是从那里获得的，只有少部分才是在他后来的云游中得到的。而且还有部分共生菌的遗传序列被他并入了自己的序列中，剩下的或早或晚就会被它淘汰，没必要并入的。
当它再次回到这里的时候，火山依旧平静。不过在附近却有几个超小型的海底火山群，也许是对于故地的留恋，也么有嫌弃这个新的火山群的大小，就这么住下来了。
在到达一定的规模后，有了充足的物质储备与物质采集量，特别是有了新的以氧气为主的呼吸链后，它已经可以合成能量储存密度更高的分子，在同体积下是过去的百倍。
特别是它对酶的分类工程，这使它更加容易的控制自己的每一个细胞中的每一个代谢进程。它觉得自己已经不再是一只生物，而是一台机器，细胞中的一条条生产线不断的加工出一个个崭新的零件，这些零件在细胞这个巨大的厂房中组装成一台台机器，是者是建筑的框架。然后再厂房外修一间一摸一样的厂房，这就是所谓的分裂；而也许是因为有新的加工计划，厂房扩建，增加新的机器，组成新的生产链，有了新的功能，这就是所谓的分化。
不过很快它便打消了这些念头，虽然它没有像其他生物一样拥有神经元聚集体，但总会产生一些奇奇怪怪的想法。
现在他想要重新登上这座岛屿，一条以螺旋缠绕形成的根茎是不够的，但很快就会有第二条，第三条。并且，在火山岛的周围，还有大量的物质，它们都是各种营养物质的原材料，它有能力去使用这些曾被它视为废物的物质。
有几条已经开始深探的探索根，一经发现一些有价值的东西了，一条矿脉，各种金属物质含量平均，完全由各样饿结晶混合而成。
在后续发现的几条矿脉也是如此，它便将这种矿脉称之为‘晶矿’。
它猜测在这个星球上，矿物并不会较纯的出现。在这里，也许唯一会出现的矿物就是晶矿。将这些晶矿挖掘出来后，就可以把里面的有效成分提取出来。在这里他用上了一种新的器官，“加工厂”。
在这条晶矿中他可以从中提取各种他所需要的元素。不过在晶矿中也有不少的放射元素，防护一定要做好，一些重核元素运输过来，在这里采矿的的根茎的细胞膜中会掺杂不少重核元素。
还有的是一个巨大的地下空洞，自然形成没有其他生物的踪迹，他是这里第一个造访者。概然发现一个这样的地方，这条根茎和发现晶的那条一样，它不需要继续往下前进了，会有一条新的根茎代替他绕过这个空洞，继续向前。
这个空洞他准备改造成一个储物空间。
通向火山岛的根茎又增加几条，现在一共有二十多条在火山岛周围盘旋，围了一圈一圈。
各种各样的细胞器被他制造出来，DNA的长度也增长了几倍。有了氧气甲烷菌等共生菌的作用就越来越小了，现在他还差一个何以光合的地点想到。火山岛就是一不错的地点。
红细胞等运输、保卫细胞也在这段时间中完成设计。
红细胞，是用于运送氧气的细胞，在他的改造下变得还可以运输少量的其他物质。他现在是一只好氧生物，也需要大量氧气，他的红细胞也是没有细胞核的。而他的身躯十分庞大，一个心脏是不够的，但如果是多个一起，那么就需要对它们进行一个合理的分布。
原本他是想在中心地区孕育一个巨大的心脏，不过在后来的测试中，他发现由多个小型的心脏组成的系统，更能使血液流动得更快，更能满足他的需求。
血液循环系统现在已经代替最初物质运输系统，还包括一直以来当作储物器的瘤状结构，它可以开合，并且和血管连接上，营养物质与原料分别放在瘤状结构的两个区域之中，瘤状结构内的食物由经过的血管细胞带走，再带给其他地方补充营养，同时经过另一条运输系统将加工厂生产出的建材运送到正在生长的组织中。
加工厂同样也是瘤状结构，它由各种不同类型的加工细胞组成，它可以各种原材料加工成它所需的物品，从物质提纯、制造合金到分子级拼接都可以做到。它是他最重要的器官，没有之一。